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凯发天生赢家一触即发全球首个跨物种大脑空间转录组|武昌分校教务|基础模型发布


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  7月11日ღ◈★,由临港实验室牵头ღ◈★,联合上海科学智能研究院ღ◈★、上海交通大学ღ◈★、东京大学国际神经智能研究中心等多家单位武昌分校教务ღ◈★,共同发布了全球首个跨物种大脑空间转录组基础模型BrainBeaconღ◈★。

  生命科学中的细胞“语言”由DNA武昌分校教务ღ◈★、RNAღ◈★、蛋白质和基因表达等分子“词语”构成凯发天生赢家一触即发ღ◈★。开发基于这种特殊“语言”的人工智能(AI)细胞大模型武昌分校教务ღ◈★,不仅可以帮助我们深入解析疾病机制凯发天生赢家一触即发ღ◈★,还能加速药物靶标发现ღ◈★。

  当前ღ◈★,单细胞转录组大模型已经能够整合数千万细胞数据ღ◈★,实现了跨器官ღ◈★、跨物种的通用细胞表征ღ◈★。空间单细胞转录组技术则进一步突破了单细胞转录组的局限ღ◈★,能够更全面地揭示细胞间互作和微环境调控机制ღ◈★,但目前尚未出现全面的空间转录组基础模型ღ◈★。

  研究团队此次开发的BrainBeaconღ◈★,模型训练基于横跨4个物种(人ღ◈★、食蟹猴ღ◈★、狨猴ღ◈★、小鼠)和5种主流空间组学平台的数据凯发天生赢家一触即发ღ◈★,覆盖总面积超过210000平方毫米的全脑空间转录组数据ღ◈★,细胞总数超过1.33亿凯发天生赢家一触即发ღ◈★。

  模型采用双阶段Transformer架构ღ◈★,分别模拟细胞内部基因依赖与细胞之间空间依赖ღ◈★,实现统一的跨物种表征学习ღ◈★,且在多个平台和物种的公开数据集上实现了高精度的零样本空间细胞分类能力ღ◈★,表现优于现有主流模型ღ◈★。

  此外武昌分校教务ღ◈★,BrainBeacon可通过“参考引导微调”机制ღ◈★,在某一物种高质量空间图谱上进行微调后ღ◈★,迁移预测其他物种的大脑组织切片ღ◈★,准确识别同源亚型与脑区结构ღ◈★,探究多物种之间的保守性ღ◈★。其内置的“空间数字扰动”功能ღ◈★,则突破了传统组学扰动仅限于细胞内部的局限ღ◈★,可模拟细胞和邻域微环境之间的双向扰动凯发天生赢家一触即发ღ◈★。

  研究团队表示武昌分校教务ღ◈★,BrainBeacon的发布标志着空间转录组进入“结构重建+状态干预”双轮驱动时代ღ◈★,也将成为连接“智能感知—空间理解—干预预测”的关键桥梁ღ◈★。其高通量训练能力武昌分校教务ღ◈★、泛化表示结构与虚拟实验平台ღ◈★,可为跨模态图谱构建ღ◈★、疾病机制建模ღ◈★、AI靶标筛选与药物发现ღ◈★、多物种智能脑图谱基座模型建设等多个研究方向提供基础ღ◈★。

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